Una cosa que me jode, es que linux el tema de los múltiples DNS no los maneje bien. Por ejemplo, estamos en una LAN con red 192.168.1.0/24 y además, tenemos una conexión a internet.

Entonces seteas dos DNS en el resolv.conf y no pincha!

Además, si la situación es itinerante (vas a múltiples LAN) mantener la configuración DNS se vuelve un rollo. Aunque el networkmanager te permita configurarlo, volvemos a la situación anterior.

Solución, tenemos un bin con sus debidos forwarders para cada red. En mi caso, el /etc/named.conf me quedó así:

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// vim:set ts=4 sw=4 et:
options {
        directory "/etc/bind/";
        pid-file "/run/named/named.pid";
        allow-recursion { 127.0.0.1; };
        allow-transfer { 127.0.0.1; };
        allow-update { 127.0.0.1; };
        version none;
        hostname none;
        server-id none;
        recursion yes;
        auth-nxdomain no;
        listen-on { 127.0.0.1; };
};


// la lan por su DNS local
zone "dominio.cu" {
  type forward;
  forwarders { 192.168.1.3; };
};


// lo demás por google
zone "." {
  type forward;
  forwarders { 8.8.8.8; 8.8.4.4; };
};

De esta manera, el dominio de la LAN (dominio.cu), será resuelto a través del servidor DNS 192.168.1.3; que es el de la LAN. Para eso usamos la zona “dominio.cu” del tipo forward y especificamos a 192.168.1.3 como su forward.

El resto, o sea, la zona “.”, será también del tipo forward y para este ejemplo, usamos los dns de google como forward.

Ahora solo te queda actualizar el /etc/resolv.conf y setear a 127.0.0.1 como tu servidor dns

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# Generated by resolvconf
nameserver 127.0.0.1

Recuerda que cada configuración automatizada, actualiza este fichero. Te recomiendo que no te fajes con el fichero, si no que en cada conexión que desees usar tu servidor, se lo especifiques. Por ejemplo, con networkmanager, le dices a N conexión, que el servidor dns es manual y será 127.0.0.1. Si usas Gnome (NetworkManager), te recomiendo usar la utilidad nm-connection-editor. Te permitirá especificar el dominio de búsqueda, cosa que no he visto como hacer con el administrador de conexiones de gnome.