Es tremendo mojón departe del desmume, no venir con el compilador JIT activado por defecto. Los juegos de DS corren suúuuuper lentos. Pero si corres desmume con los siguientes argumentos:

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desmume  --fwlang=5 --jit-size=100 --cpu-mode=1

Se activará el Compilador en Tiempo de Ejecución que tiene desmume y créeme, la mejora es increíble. Tanto que luego se dispara de una manera descomunal, así que será necesario limitar el FrameSkip a 60 FPS.

Como ven en la imagen, está corriendo Le pokemón negro, y con un micro de 2 mil herzios se me monta en los 80fps renderizando 3d. Con la Soul Silver, se me monta en +100 fps, ya que las peleas son en 2D.

Te preguntarás por que usar Frameskip entonces. Pues al menos en mi caso, cuando el juego renderiza 3D, sin Frameskip, no llega ni a las 40FPS. Por suerte, con la opción marcada debajo, ni se siente el frame-skip, cosa que en otros emuladores es un dolor.

Por suerte el DS solo puede renderizar 3D en una sola pantalla a la vez. Ah! OpenGL es por gusto, desmume pincha arriba del micro.

Para mayor comodida, puedes crear un .desktop en tu home, el cual se lanze con los parámetros. A mi me quedó así

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[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=DeSmuME (Gtk)
Comment=Nintento DS emulator
TryExec=desmume --fwlang=5 --jit-size=90 --cpu-mode=1
Exec=desmume --fwlang=5 --jit-size=90 --cpu-mode=1
Icon=DeSmuME
Categories=GNOME;GTK;Game;Emulator;
MimeType=application/x-nintendo-ds-rom;
X-Desktop-File-Install-Version=0.22